食品飲料無菌潔凈室最好能與外界隔離，不能穿行或受其他因素干擾，包括廠區的外部環境也要充分考慮。食品/飲料無菌潔凈室的大小依需要而定，一般由更衣間、緩沖間、風淋室和操作間組成（包括生產、分揀、烘焙、灌裝、包裝等環節）。